Роль метилирования в регуляции экспрессии гена DAPK1 и связанных с ним генов микроРНК при немелкоклеточном раке легкого

Ирина Валерьевна Пронина; Марина Сергеевна Губенко; Алексей Михайлович Бурденный; Татьяна Павловна Казубская; Элеонора Александровна Брага; Виталий Игоревич Логинов

doi:10.25557/0031-2991.2023.03.5-13

Ирина Валерьевна Пронина ФГБНУ «Научно-исследовательский институт общей патологии и патофизиологии», 125315, Москва, Россия, ул. Балтийская, д. 8 https://orcid.org/0000-0002-0423-7801
Марина Сергеевна Губенко ФГБНУ «Научно-исследовательский институт общей патологии и патофизиологии», 125315, Москва, Россия, ул. Балтийская, д. 8
Алексей Михайлович Бурденный ФГБНУ «Научно-исследовательский институт общей патологии и патофизиологии», 125315, Москва, Россия, ул. Балтийская, д. 8; ФГБУН «Институт биохимической физики им. Н.М. Эмануэля» Российской академии наук, 119334, Москва, Россия, ул. Косыгина, д. 4 https://orcid.org/0000-0002-9398-8075
Татьяна Павловна Казубская ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр онкологии им. Н.Н. Блохина» Минздрава России, 115478, Москва, Каширское ш., д. 23 https://orcid.org/0000-0001-5856-0017
Элеонора Александровна Брага ФГБНУ «Научно-исследовательский институт общей патологии и патофизиологии», 125315, Москва, Россия, ул. Балтийская, д. 8; ФГБНУ «Медико-генетический научный центр им. акад. Н.П. Бочкова», 115522, Москва, Россия, ул. Москворечье, д. 1 https://orcid.org/0000-0001-5188-4094
Виталий Игоревич Логинов ФГБНУ «Научно-исследовательский институт общей патологии и патофизиологии», 125315, Москва, Россия, ул. Балтийская, д. 8; ФГБНУ «Медико-генетический научный центр им. акад. Н.П. Бочкова», 115522, Москва, Россия, ул. Москворечье, д. 1 https://orcid.org/0000-0003-2668-8096

DOI: https://doi.org/10.25557/0031-2991.2023.03.5-13

Ключевые слова: метилирование, экспрессия, апоптоз, НМРЛ

Аннотация

Актуальность. Одним из самых распространенных злокачественных новообразований является рак легкого. Его самой распространенной формой, более 85% всех случаев, является немелкоклеточный рак легкого (НМРЛ). Одним из генов, тесно связанным с возникновением и прогрессией этого вида рака, является ген DAPK1, эпигенетическая регуляция которого, происходит на разных уровнях, в частности, метилирование промоторного CpG-островка гена или же влияние изменения уровня экспрессии микроРНК, для которых ген DAPK1 является геном-мишенью. Вопрос о влиянии метилирования и/или микроРНК на регуляцию экспрессии мРНК гена DAPK1 при НМРЛ остается открытым. Цель. Исследование изменений уровня экспрессии и/или метилирования микроРНК и их гена-мишени DAPK1 при НМРЛ. Методика. Образцы опухолей НМРЛ собраны и клинически охарактеризованы в НИИ клинической онкологии ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина» Минздрава России. Высокомолекулярную ДНК выделяли из ткани стандартным методом. Анализ уровня метилирования проводили с применением бисульфитной конверсии ДНК и количественной метилспецифичной ПЦР (МС-ПЦР) с детекцией в реальном времени. Методом ОТ-ПЦР в реальном времени определены уровни экспрессии 4 микроРНК и их предполагаемого гена-мишени DAPK1. Статистический анализ выполнен с использованием программного пакета IBM SPSS 22. Различия считали достоверными при р<0.05. Результаты. С применением метилспецифичной ПЦР в реальном времени показано статистически значимое (р<0.05) увеличение уровня метилирования гена DAPK1 в образцах опухолей по сравнению с парной гистологически нормальной тканью легкого. Показано, что уровень экспрессии мРНК гена DAPK1 статистически значимо ассоциирован как с изменением уровня метилирования промоторного CpG-островка гена DAPK1 (Rs=-0.517, p=0.002), так и с изменением уровня экспрессии исследованных микроРНК. В результате анализа уровней экспрессии DAPK1 и микроРНК были составлены две пары miR-339-3p – DAPK1 (Rs= -0.476, p=0.004) и miR-375 – DAPK1 (Rs= -0.354, p=0.037), позволяющие говорить о существенном влиянии этих микроРНК на регуляцию активности гена DAPK1. Заключение. Обнаруженные нами новые закономерности представляют интерес для понимания механизмов развития НМРЛ и могут лечь в основу диагностики и прогноза течения этой болезни, а также помочь скорректировать ход лечения с учетом патофизиологических особенностей опухоли.

Скачивания

Данные скачивания пока недоступны.